南京上元门过江通道工程线路自南京北站宁淮场引出，向东走行下穿宁淮京沪下行联络线后与北站快速路并行，相继跨越龙泰路、改宁启上下行线、改京沪上下行线、朱家山河后向东走行于规划预留廊道内，沿既有浦泗路、浦仪路至长江再折向东南，于八卦洲南侧下穿长江后，线路继续沿规划预留廊道南行，最终引入既有南京站。